С POP-3 всё ясно - пишу в /etc/services строки типа
pop-4 10110/tcp # POP version 3
pop-4 10110/udp
а в /etc/inetd.conf
pop-4 stream tcp nowait root /usr/sbin/tcpd /usr/lib/linuxconf/lib/vpop3d /usr/sbin/ipop3d
И всё путём.
А вот где порты SMTP прописываются - не представляю :(