Захожу на сервер с помощью putty, фон где нет букв становится черным. Как с этим побороться? Спасибо.

wtf?
др. словами - не х.я не понял вопроса ;)

У putty же цвета настраиваются в ней самой.

У меня та-же самая фигня.
Другими словами:
запускаем mc после подключения к удалённому компу
и видим, что там где нету текста (пустые места)
синий фон вообще не прорисовывается -- т.е. остаётся чёрным.
Цвета в mc -- по умолчанию, удалённая система: RH7.3

P.S. На удалённой системе RH9 подобного не наблюдается.

В ASPLinux 7.3 c mc-4.5.55-5.1 такая же байда. В 7.2 такого не было, вылечилось заменой на mc-4.5.55-2.1 из 7.2 (rpm -Uvh --oldpackage _старый_пакет_).

А если в ~/.mc/ini добавить:
[Colors]
color_terminals=linux,xterm

или кем там у вас еще putty представляется.

Настраивается одной галочкой в самой putty, которая называется примерно "заполнять до конца строки цветом фона". Точнее сейчас не скажу, завтра гляну на работе (дома M$ убит по определению).

галку поставь в настройках соединения: Terminal -> Use background colour to erase screen...

В putty поставь св-ва терминала xterm-color (вкладка connections)