а почему не постоянная репликация? просто если с каналом траблы - репликация лочит таблицу, и может так довольно долго провисеть. Проще в таких случаях дамп делать (если база сильно успевает меняться за определенное время)
Примерно эдакое у меня запускается по крону раз в сутки ночью
#!/bin/sh -e
db=kontract
kdir=/var/lib/mysql/db/$db/
resdir=/var/outer/arc/`date +%F_%H-%M-%S`
mkdir $resdir
cd $kdir
tar -czf $resdir/$db ./
cd $resdir
cp -f $db.tgz ../$db.tgz
/var/outer - примонтированный каталог с удаленной машины
В результате - аккуратно разложенные на архивном сервере по каталогам-датам срезы базы, самый последний срез - на каталог выше. Объем текущей базы - 2.5ГБ, сжимается до 170МБ, накопления с 2008-01-24. Ни разу не упало и не поломалось.
P.S. Если очень надо, можно добавить mysqladmin flush-tables --password=blablabla