squid & include

А что вы в него хотите "заинклудить"? Поконкретней плиз.
Если acl, то почитайте squid.conf

# TAG: acl
# Defining an Access List
#
# acl aclname acltype string1 ...
# acl aclname acltype "file" ...
#
# when using "file", the file should contain one item per line

На счет acl aclname acltype "file" ... оно понятно. Хотелось бы конфиг разбить на несколько частей. А вообще есть желание сделать нечто при помощи чего через web можно иметь возможность удаленно и оперативно создавать-удалять acl'ы, создавать новые правила. Крутить delay pool'ы и т.д. Вот для этого оно было и нужно что-бы не парсить и не ковырять весь конфиг.

Насчет составного конфига - ИМХО очень вряд ли.
Насчет удаленно и оперативно - ssh
Насчет Веб - геморойно и несекурно ... (опять же ИМХО)

см в сторону webmin