Подвисают приложения (Firefox)

>(например при распаковке 20-ти гигабайтного архива)

Линукс имеет неоптимальную архитектуру работы с HDD. Особенно когда размер архивов меньше терабайта, выход пока один, делать архивы больше терабайта.

проверить dma-режим на винте. а также юзать нормальную фс, напр. reiserfs.

Ничего не сделать. Это кривость убунты помноженная на баги ядра. Заключается в том что когда флашатся грязные страницы запросы на чтение становятся в очередь и ждут завершения первой операции. Чуток подлечить это можно сменой планировщика. Так же есть баг на bugzilla.kernel.org который предположительно это вызывает, но щас не могу найти номер. Зато в ланчпаде записей полно, например, https://bugs.launchpad.net/ubuntu/+source/linux/+bug/43484 И самое интересное как убунтовцы справились с этой проблемой, смотри последнюю запись :).

По моим ошущениям в других линухах почему-то это гораздо слабее выражено, но точных тестов не приведу и обо сломалась та железка на которой я всё тестил, так что эта информация требует подтверждения.

о, а вот и тот баг: http://bugzilla.kernel.org/show_bug.cgi?id=12309

Хм, странно, но у меня гента с 2.6.29 достаточно шустро работает даже при сильных нагрузках на I/O, хотя остальные дистрибутивы с ядрами >=2.6.18 тупили дико.
Чую, что виной всему - случайно отрубленный CFS при конфигурации.

Да вот у меня гента тоже работает подозрительно лучше убунты. Очень хочу посмотреть какие патчи накладывают убунтоиды ибо возможно что они баг посадили. Такое было не раз и не два.

А если собрать под убунтой ядро с гентушным конфигом? Хотя тут могут быть другие причины (посмотрите free -m под гентой и убунтой).

увы, нет времени на эксперименты. Есть куча задач срочнее. Например, глюки kvm в той же убунте, глюки в стартовых скриптах итп.