ip rule, ip route где хранить?

Смотря к чему они относятся. Наиболее правильным будет в /etc/network/if-(up|down)[.d], наверное.

В /etc/network/interfaces
up ip route add лололо

В сбербанке - оно надёжнее

+1 за /etc/network/if-up.d. Туда же и iptables-ы