Пользуем MySQL, т.к. в PHP, Perl и C есть прекрасная его поддержка. С PostgreSQL тоже проблем быть не должно. Если деньги водятся целыми чемоданами, купите себе Oracle (хотя я бы не стал тратить столько).
Примерный объем данных, требования к надежности, ссылочной целостности, какие транзакции, где производиться обработка данных (RDBMS or App Server), преобладающих тип запросов, /etc/ ??