bash - правильно распознать перенос строки

imho, проще этот файл через dos2unix сначала пропустить, чтобы убрать вендовые переносы строк. Хотя, конечно, можно придумать что-то и на bash.

я непойму почему echo не выводит перенос, а rm его видит...

Автор, это известная тема, в винде перенос строки это "\r\n", в линуксе "\n". Т.к. "\r" это непечатный байт (0D), то ты его просто не видишь :) "\n" это 0A байт.

#!/bin/bash
#

CR='\015'
cat file.txt | while read -r line;
do
  rm `echo $line | tr -d $CR`
done

tr можно и после cat засунуть. И так будет лучше, потому что у тебя программа обломается при наличии пробелов в имени файла (ну или ещё двойные кавычки поставить вокруг `echo | tr`).

Это уже на усмотрение топикстартера. Я сам принцип действия показал.