ovax, всё зависит от задачи. При хранении кучи мелких файлов неэкономно расходуется место на большинстве файловых систем, манипуляция с кучей файлов требует большого времени т.к. на каждый файл будет тратиться куча системных вызовов с переключением контекста итп. Когда данные в базе одним вызовом read можно сразу кучу данных считать. И вообще, хранить структуры данных в файлах имхо изобретание велосипеда :). Тут, правда, топикстартер не уточнил что у него в файлах и какую именно обработку он затеял.
я всё же базы данных. У файловых хранилищ есть минус-работа с большим кол-вом мелких файлов тормозная слишком. Попробуй удалить из папки 100тыщ файлов. Вот из базы 100тыщ строк запросто :).