в скрипте которым ты пускаешь апач примерно /etc/init.d/apache посмотри наверняка есть чтото типа
PATH=/bin:/usr/bin:/sbin:/usr/sbin
там и правь а потом перезапускай
а ещё у апача бывает suexec который настроен на определённые директории и при запуске скриптов из этих директорий он выставляет свой safe path