Хардлинки md5 и автоматизация =)

Лучше не надо. Это очень неожиданно, когда что-то меняешь в одном файле а оно вдруг меняется и в другом :)

выбирай сам

andor@ ~ $ eix -S hardlink
* app-arch/hardlink++
     Available versions:  (~)0.02
     Homepage:            http://www.sodarock.com/hardlink/
     Description:         Save disk space by hardlinking identical files.

* app-backup/ccollect
     Available versions:  0.5.1 (~)0.5.2 (~)0.6
     Homepage:            http://unix.schottelius.org/ccollect/
     Description:         (pseudo) incremental backup with different exclude lists using hardlinks and rsync

* app-misc/glastree
     Available versions:  1.02 1.04
     Homepage:            http://www.igmus.org/code/
     Description:         glastree is a poor mans snapshot utility using hardlinks written in perl

Спасибо это то что нужно!

Хотя лучше-бы оно еще как-то хэши сравнивало =)