Нет, не шутка. Соединения существуют не сами собой, их открывают и закрывают какие-то процессы, вот для закрытия соединений как раз и надо убить тот процесс, который его использует.
Т.е. сначала fuser или lsof, а потом kill
Если нужно что-то закрыть глобально, т.е. не только какое-то конкретное соединение на данный момент, можно использовать firewall: iptables, ipchains, ipfw, ... (смотря какая OS стоит и какое ядро)