> Почему не делать
Потому что система - это не файлопомойка, а совокупность пакетов, поэтому лучше найти пакет для своего дистрибутива и поставить его, а не через make install.
И тогда подобных вопросов с обновлением (а где все файлы, относящиеся к squid-у, куда он мог их засунуть ?), с узнаванием опций предыдущей сборки никогда возникать не будет.
Почитайте FAQ на этом форуме, там, на сколько я помню, было написано почему софт лучше не ставить вручную.