fetchmail и предупреждения

Блин, ну говорит же программа: не влезай - убьет, нет мы бум лезть пока не убьет, а когда убьет - все равно будем лезть.

>как-нибудь этого можно избежать продолжаяя ее забирать так же от рута?

Можно - поковырявшись в исходниках.

Ты хоть вообще представляешь кто такой root? И нафиг он нужен?

можно, запускай фичьыло от другого пользователя
и читайте документацию к нему