Вполне возможно, что в /etc/services и /etc/inetd.conf по-разному обзываются сервисы, к примеру в /etc/services - pop3, а в /etc/inetd.conf - pop-3. Короче, найти, и привести к единому виду
На каком-то из дистрибутивов (не помню на каком) popa3d вообще не устанавливалась в стандартной установке, хотя в inetd.conf прописывалась. Может установить чего другое, qpopper например?