pure-ftpd

сделай одного пользователя:

pure-pw useradd test1 -u 1000 -g 21 -D /var/ftp/test1 -m

другого:

pure-pw useradd test2 -u 21 -g 21 -D /var/ftp/test1 -m

затем: 
1. mkdir /var/ftp/test1
2. chown 1000:21 /var/ftp/test1

все, пользователь test1 имеет полный доступ к /var/ftp/test1, пользователь test2 - нет.