Произвольный путь до .ssh

Никак. Отдельно указывать пути к config, ключам и хостам.

Никак. Захардкожено. И Won’t Fix:

OpenSSH (and it’s ancestor ssh-1.x) have a 17 year history of using ~/.ssh. This location is baked into innumerable users’ brains, millions of happily working configurations and countless tools.

https://web.archive.org/web/20190925004614/https://bugzilla.mindrot.org/show_bug.cgi?id=2050

Можно попробовать костыль вида HOME=/opt/data ssh ..., но я бы не стал.

Можно попробовать костыль вида

#!/bin/sh

bin=$(basename "$0")
config="${XDG_CONFIG_HOME:-${HOME}/.config}/ssh/config"
ssh=/usr/bin/ssh

if [ -r "${config}" ]; then
        exec "${ssh}" -F "${config}" "${@}"
else
        exec "${ssh}" "${@}"
fi

В конфиге пути к остальным файлам.

Никак.

Во-первых по умолчанию пути захардкожены. Во-вторых, если речь о целевой машине, то sshd будет смотреть authorized_keys по определённому пути (переназначается, но так делать не стоит).

Всем спасибо, вопрос решён!