Неправильное время после синхронизации по ntp

сделай ntpdate ru.pool.ntp.org - что выйдет?

отстаёт на 1 день 18 часов

без дня же, просто на 18 часов.
а 18 это два раза по 9

посмотрите в timedatectl проверьте все варианты времени Local, Universal, RTC.

Я ожидал, что будет указан сервер синхронизации

ntpdate не читает /etc/ntp.conf, его нужно запускать с указнием сервера, причём одного. В стартовых скриптах при загрузке системы могли парсить ntp.conf, чтобы определить сервер синхронизации для ntpdate.

Вобще, вроде, была защита от перевода времени разом на такое большое кол-во часов, странно.

1.Для начала нужно руками выставить точное время +-5 мин, при большом дрифте от эталона не сработает синхронизация (ntpd).
2. Некоторые провы рубят запросы на ntp 123 порт, сталкивался неоднократно. В этом случае выручает установка демона синхронизации времени по http (htpdate).

А sudo hwclock что показывает? Может у Вас системное время = rtc ?
Тогда нужно поправить руками системное время на ПК. Синкнуть при помощи sudo ndpdate какойнибудьвнешнийсерверточноговремени для проверки. Далее записать значение в rtc при помощи sudo hwclock -w.
А так лучше использовать службу синхронизации времени systemd, с ней гемора меньше.

А что в файле ntp.drift? (driftfile в ntp.conf)

Похоже баг в tzdata после того как выставил часовую зону asia/yakutsk, вместо явного gmt+9, время стало текущее показываться. Хотел как лучше, а получилось как всегда.

Ага, я в эксель считал разницу дат. Все сходится, если делать установку времени через dpkg-reconfigure tzdata меню другое gmt+9 то время наоборот отнимается, надо через название часового пояса делать, asia/yakutsk.

А sudo hwclock что показывает?

Правильно написали. 2ТС выбор зоны зависит от системного времени.

А почему вы решили, что Etc/GMT+9 это Asia/Yakutsk ?

Там же наоборот. Etc/GMT-9 тогда уж, если вы хотели получить UTC+09:00

https://en.wikipedia.org/wiki/List_of_tz_database_time_zones

Etc/GMT+9
Sign is intentionally inverted. See the Etc area description.

Я себя перепроверил, через гугл https://www.google.com/search?q=%D1%87%D0%B0%D1%81%D0%BE%D0%B2%D0%BE%D0%B9+%D0%BF%D0%BE%D1%8F%D1%81+%D1%87%D0%B8%D1%82%D0%B0&oq=%D1%87%D0%B0%D1%81%D0%BE%D0%B2%D0%BE%D0%B9+%D0%BF%D0%BE%D1%8F%D1%81&gs_lcrp=EgZjaHJvbWUqDQgDEAAYkgMYgAQYigUyDwgAEEUYORixAxjJAxiABDIGCAEQRRg9MgYIAhBFGD0yDQgDEAAYkgMYgAQYigUyDQgEEAAYkgMYgAQYigUyCggFEAAYsQMYgAQyBwgGEAAYgAQyCggHEAAYsQMYgAQyBwgIEAAYgAQyBwgJEAAYgATSAQg5NzY2ajBqN6gCALACAA&sourceid=chrome-mobile&ie=UTF-8

В меню программы пункт gmt+9, я и ожидал, что будет +, а не - как будто это utc,недосмотр авторов программы мне кажется.

Ну и в винде я ранешь такой регион ставил или осако/сопоро/токио/Сеул, помню наизусть