Как защититься от такой атаки без отключения udp

Искать общий признак и по нему блочить. Страна, содержимое заголовков пакетов, дестинейшн.

Или блочить все кроме белого списка.

Как от такой атаки можно защититься без отключения udp?

От такой атаки и отключением UDP защититься нельзя.

1. Переезд в ipv6 должен сильно уменьшить вероятность попадания.

2. Ещё можно купить соотв. сервис у специалистов, если деньги есть.

snort, как один из вариантов-но это локально. если мощный DDOS-то мало вариантов, начиная с blackhole, заканчивая манипулированием шириной каналов, но это тоже ограничено, поскольку если валить будут очень сильно, то и ширины каналов на помогут, только blackhole(если у оператора он есть есть и если адекватную нагрузку выдержит) с отключением самого вашего сервиса.