Webmin не сохраняет изменения

как запускаешь? возможно надо запускать через sudo или su

Подскажите пожалуйста какие логи можно посмотреть что бы докопаться до истины

Конфигурация webmin-овского веб-сервера (где прописано расположение его логов) лежит в файле /etc/webmin/miniserv.conf. Обычно логи лежат в папке /var/webmin.

Протестируйте для начала работу «Others -> File Manager» - чтобы убедиться, что webmin имеет нужные привилегии. А вообще, юзать webmin без соответствующей «маскировки» небезопасно - 10000-й порт входит в стандартный проверочный комплект всех сканеров. Лучше доступ к webmin-у проксировать через Nginx в HTTPS-режиме - запрятать за какой-нибудь секретной URL-кой.