Настройка прокси для всей системы

Вообще, в настройках сети (через гуи) можно указать прокси.
Некоторым уродливым аппликэйшнам (вроде skype), их надо указать отдельно.
ну и в консоли можно забить export http_proxy=http://ip_address:port

http_proxy и прочие настройки указаны. Однако есть ли возможность ничего этого не указывая отпралять весь трафик через прокси?

Однако есть ли возможность ничего этого не указывая отпралять весь трафик через прокси?

я такого не знаю.

отпралять весь трафик

Если использовать VPN, то можно поменять дефолтный шлюз, и тогда через него пойдёт весь трафик, кроме броадкаста и явно прописанных маршрутов.

Вот только прокси — не шлюз. На прокси надо еще как-то для каждого исходящего соединения делать HTTP connect. И даже в этом случае работать будет только TCP. Имхо, глобально задача не решаема, прокси — слишком уж костыль.

некоторые нужные мне программы не умеют работать с прокси.

Не все программы умеют работать с http и даже socket proxy, у некоторых протоколов свои виды проксирования, уточни что именно у тебя не работает.