Как обновить все пакеты, кроме php?

apt pinning

Но лучше сделать клон и потестировать обновление на клоне

Кроме того, обновление в пределах одного релиза ( jessie, wheezy и т.д. ) не меняет версию пакетов существенно. Т.е. ты не получишь обновление php с 5.3 до 5.4, максимум 5.3.9

sudo apt-mark hold package_name

sudo apt-mark hold php5 ?
Я так понял, что пых заблокируется от обновлений, поэтому можно потом командовать.apt-get update ....apt-get upgrade ....?
Верно понял?

Угу, должно быть так.

На всякий случай посмотри что у тебя установлено: dpkg -l | grep php и захолдь все.

Ты в любом случае перед энтером увидишь список пакетов.