да. зависит от конкретной программы

Можно.

Каждый экземпляр имеет свой PID.

как работать с конкретным экземпляром такой программы

Тут не форум экстрасенсов, мы-то откуда знаем? Если у «такой программы» есть имя, и это не внутрикорпоративная разработка, то имеет смысл её назвать. Без дополнительной информации сказать, будет ли эта куча фоновых процессов работоспособна, нельзя.

так этож принцип потокового действия, всех этих связь-кластерных...

Серваков, или, уже и я, в чём-то недопонимаю?

Честно говоря, «не распарсил». Просто товарищ спросил:

Можно ли запустить несколько экземпляров данной программы

Ответ: да, можно. Только если этот демон открывает сокет по заранее заданному пути, который вшит в исполняемый файл, то только один экземпляр сможет этот сокет открыть (без извращений с chroot и других плясок), и не важно что там есть какой-то конфиг. Если есть конфиг, в котором это можно настроить — надо будет править конфиг для каждого инстанса. И таких «если» возникает тем больше, чем дальше в лес. Поэтому я и ответил, что без дополнительной инфы нужны экстрасенсы.

А «как работать с конкретным экземпляром такой программы» без информации, что эта программа должна делать, вообще ответить невозможно. Если это веб-сервер — надо зайти браузером. Если это текстовый редактор — надо ему назначить собственный TTY, или что там, я не спец в терминалах. Если это какая-то неведомая хрень, то хрен ее знает как с ней работать. В общем случае — читать мануал.