InnoDB не умеет сдуваться?

Как ее сдуть?
mysqldump не предлагать.

Почему?

Или механизм Innodb предполагает «ниппельную» систему?

Хочешь, чтобы сдувалось, юзай innodb_file_per_table

Хочешь, чтобы сдувалось, юзай innodb_file_per_table

Задача больше для существующих БД.

Насколько я понял только подобным образом можно https://rtcamp.com/tutorials/mysql/enable-innodb-file-per-table/

Что предложите для существующих БД?

Alter table engine innodb на самых жирных таблицах. По сути, аналогично дампу, только без лишних телодвижений.

Это не поможет сдуть общий дисковый пул иннодб, насколько я помню, только если включен innodb file per table это поможет.

Ну вот и я навскидку не помню точно. Может, я сначала тоже file-per-table делал.

Что предложите для существующих БД?

Кроме mysqldump - ничего. Потому что без innodb_file_per_table, предполагается что ты будешь использовать RAW-раздел жесткого диска под данные БД. А он обычно не уменьшается - отсюда и такая логика.

mysqldump/mysql (до 20GB) mydumper/myloader в чистую базу, надо быть аккуратным если используется несколько кодировок в базе. (до 200GB)

сделать innodb file per table таблицы (будет в 2 раза больше места занято (ну, реальну меньше, потому как мы считаем что ibdata1 съел лишнее место), экспортировать *.ibd и импортировать в базу с пустыми таблицами. (минусы надо свои скрипты импорта писать

Это не только иннодб, так многие дб, примером монго. Для иннодб нужно использовать one file per table.