https://github.com/selivan/mongodb-backup-simple - для случая, когда бекап-сервер гоняет hidden secondaries для всех replica set, а сервер конфигов можно бекапить через mongodump.
Тупо маленький скриптег, зато отлаженный и работает. Логи, мониторинг. Прикопаю здесь на всякий случай, вдруг кому надо.