Вообщем у мня такая байда. Если grep запускать из консоли то он с русским нормально. Если через Апач(перл или пхп) то он не игнорирует регистр. Я думаю что это что-то с настройкой локали но вот что? Mandriva Linux 2005 LE
А там передаётся в функцию вызова команды список аргументов - значений переменных окружения? Наподобие как в execle? Если нет, попробуй вызывать команду типа "LANG=ru_RU.KOI8-R ls | grep ы" или "bash -c 'LANG=ru_RU.KOI8-R ls | grep ы'" или ещё наподобие.