можно ли сделать чтобы при загрузке линукса логин и пароль проверялись на контроллере домена?

pam_smb_auth

это называется NIS

и как например тогда сделать чтобы GDM предлагал выбор домена в который логиниться?

Логиниться придется как DOMAIN\user или DOMAIN+user, в зависимости от сепаратора в самбе.

... или менять настройки /etc/nsswich.conf passwd: winbind files group: winbind files

чтоб юзер проверялся в домене.

да прям
use default domain = Yes
и проблемы решены

Вопрос ко всем. 
Опишите процедуру добавления нового пользователя в систему (домен). 

Дано:
1. 100 Линукс машин, настроенных на авторизацию в DC через winbind.
2. username: vasea
   password: PuPkIn
   shell: /bin/tcsh
   home: /home/vasea
   Доступ разрешен на(со) всех линукс-машин.
--------------------------------------------------------
Потом подумаем о nss_ldap, pam_ldap и доп. схемой AD.