php-cgi нагрузка на диск

Ну наверное посмотреть какой конкретно скрипт грузит и разобраться в коде что оно делает?

а как посмотреть?

Вероятно из списков процессов выловить того у кого самый большой юз проца

может быть пхп код не кешируется xcache и каждый раз читается заново? как это проверить?

Мне кажется тут только разбираться в консоли смотреть что не так. Я сомневаюсь что дело в xcache

берешь pid процесса, который жрет CPU и смотришь по нему lsof - увидишь куда он пишет. может он миллионы notice-ов в лог запиливает на каждый запрос?