Проблема заключалась в том, что новые окна в мультимониторном варианте могли появляться на самом левом экране вместо основного.

Это решается следующим образом:

Параметры системы => Рабочая среда => Диспетчер окон => Поведение окон => Вкладка «Дополнительно». Под меткой «Размещение нового окна», в комбобоксе выбрать «Под мышью»