Когда запущен стим то выключение происходит только после второго нажатия на кнопку выключения, если выключать из консоли такой пробелемы нет. Если предварительно закрыть стим то выключение проходит с первого раза.

Куда копать? не вижу проблемы в журнале системы, либо в логе ~/.steam/error.log