freeze

Output installed packages in requirements format. Packages are listed in a case-insensitive sorted order.

list

List installed packages, including editables. Packages are listed in a case-insensitive sorted order.

Я это читал.

list Список установленных пакетов, включая редактируемые. Пакеты перечислены в порядке сортировки без учета регистра.

Что значит редактируемые?

https://setuptools.readthedocs.io/en/latest/setuptools.html#development-mode

Упрощенно: обычно при установке содержимое питоновского пакета копируется, для редактируемых (development mode) навешиваются ссылки, поэтому после редактирования пакета его не надо переустанавливать.

Протестировал

Создал файл setup.py со следующим содержимым

from setuptools import setup

setup(name='tested', py_modules=['tested'])

Поставил

sudo python3 setup.py develop

И пакет tested стал редактируемым, но он доступ через pip list и через pip freeze, а должен быть виден только из pip list исходя из описания команды.