Как добавить лишние знаки в функцию auto-increment?

Просто форматируй при выводе, зачем хранить эти нули?

select lpad(id, 4, '0') from mytable;

Никак. id - это число.

Можно id хранить не в unsigned а в unsigned zerofill, например.

https://dev.mysql.com/doc/refman/5.5/en/numeric-type-attributes.html