Обработка формы и автозамена текста

Но больше оригинал текста не трогается и заносится в базу как есть.

То есть ты никак не заботишься об sql-инъекциях?

Нет, я просто делаю prepare, а затем через bind заношу все данные как есть, нетронутыми...

$db->query('BEGIN TRANSACTION;');
$try = $db->prepare('INSERT INTO blog_comments (post_id, user_id, comment_text, comment_author_ip, comment_agent, is_approved) VALUES (:post_id, :user_id, :comment_text, :comment_author_ip, :comment_agent, :is_approved);');
if (isset($_SESSION)) {
  $try->bindValue(':user_id', $_SESSION['user_id']);
  $try->bindValue(':is_approved', NULL);
}
else {
  $try->bindValue(':user_id', NULL);
  $try->bindValue(':is_approved', '?');
}
$try->bindValue(':post_id', $post_id);
$try->bindValue(':comment_text', $comment_text);
$try->bindValue(':comment_author_ip', $_SERVER['REMOTE_ADDR']);
$try->bindValue(':comment_agent', $_SERVER['HTTP_USER_AGENT']);
$try->execute();
$db->query('UPDATE blog_posts SET post_count_comments = post_count_comments + 1 WHERE post_id = '.$post_id.';');
$db->query('COMMIT;');

str_replace(['&', '<', '>', «\n»], ['&', '<', '>', «<br>\n»], $comment_text);

http://php.net/htmlspecialchars

Правильно ли, что в базу следует заносить оригинальный текст как есть

Да. Во всех вменяемых ЦМС так делается.

занося в базу обработанный текст — его обработали один раз и вполне себе экономим процессорное время

По сравнению с общими затратами это экономия на спичках. Ты же не экономишь спички? Не надо отвечать :) Если хочешь поиграться в хайлоад лучше сделай кеширование в nginx.

Заноси как есть, отдавай как есть, markdown рендерь на клиенте js-ом.

С другой стороны, занося в базу обработанный текст — его обработали один раз и вполне себе экономим процессорное время потом, но какой ценой... Когда пользователь захочет отредактировать комментарий, придется текст снова восстанавливать, вырезая оттуда свои кривые тэги.

Прикрути на сервере кэш.

Чувак, тебе до сих пор не хочется вымыть руки от кодирования на пыхе?
Ты когда на этом говне пишешь, хотя бы перчатки одевай.

пользователь захочет отредактировать комментарий

Это не так уж часто делается, чтобы об этом переживать.