Замена rewrite url для плагина wordpress

А не проще ли плагин пропатчить?

и как его пропатчить? я вот грепаю по файлам плагина, и слово downloads там чуть ли не в каждом файле

Аккуратно. Он ж в исходниках — возьми да изучи.
Ну или в job.
Или тренируйся конфигурировать проксирующие вебсерверы.

а может как-то можно через .htaccess ??

В БД менял в табличке rewrite

У вас какой-то другой WP? О какой таблице речь?

Плагин называется EDD FES, он добавляет в wp_options свои реврайты, я в них поменял downloads на shop, но это не помогло. выглядит примерно так:

http://vk.cc/3fwtuY

Может как-то и можно, если настройки апача позволяют и если модули нужные есть.
Но через проксирующий вебсервер проще и надёжней.

Выглядит омерзительно и неюзабельно.

Это выглядит как сериализованный PHP массив. Их нельзя править просто методом «найти и заменить» (если только длинна исходного текста не равна длине нового). Можно заменить «foo» на «bar», но нельзя «foo» на «barr».