LINUX.ORG.RU

[пазлы] fold.it (446)


0

1

А есть на ЛОРе участники foldIt ? Это которые головоломки по сбору протеинов. Я состою в Russian team. Было бы неплохо, если бы кто-нибудь помог с пазлом 446: Quest to the Native vs Electron Density 1. Моё решение (сейчас порядка 11770 или 7 место в командном режиме) выложено для команды в «Share Solutions». Прошу помощи потому, что сам уже устал, а головоломка сворачивается через 14 часов.

Нативный клиент

UPD: Ну вот, теперь уверенно сидим на 5 месте, весьма неплохо.

★★★
Ответ на: комментарий от DNA_Seq

Кстати, если Вы никогда этим не занимались, там есть хорошая обучалка. Я знакомых люблю пугать, показывая эту игру :)

Sadler ★★★ ()
Ответ на: комментарий от damnemall

> А что делать надо?

Надо сворачивать данный протеин так, чтобы получить больше скора. Подробнее в обучалке рассказано :) Например, там рассказано, что гидрофобные sidechains надо прятать внутрь, а гидрофильные вытаскивать наружу, что нужно не допускать «дырок» и т.п. Можно писать скрипты, можно руками тягать.

Sadler ★★★ ()
Ответ на: комментарий от DNA_Seq

> какой бардак!

Ну звиняйте. Зато скор хороший =)

Sadler ★★★ ()
Ответ на: комментарий от Sadler

Интерфейс там довольно дурацкий.

Такое ощущение что бета-листы должны сформировать цилиндр в центре которого находится альфа-спираль. КУ тебя на картинке альфаспираль у дальнего конца, там углы под 90 градусов, то-то типа параллелепипеда

DNA_Seq ★★☆☆☆ ()
Ответ на: комментарий от DNA_Seq

> Интерфейс там довольно дурацкий.

Там можно переключить на Selection interface, я с ним работаю.

Такое ощущение что бета-листы должны сформировать цилиндр в центре которого находится альфа-спираль. КУ тебя на картинке альфаспираль у дальнего конца, там углы под 90 градусов, то-то типа параллелепипеда

Ага, вижу. Надо структуры пометить, а то неудобно так работать. Хотя я не смогу этого сделать до прохода ещё одной итерации скрипта.

Sadler ★★★ ()
Ответ на: комментарий от DNA_Seq

С тем отличием, что между Helix'ами проходит две линии Sheets. У меня лично так сейчас сформировано.

Sadler ★★★ ()
Ответ на: комментарий от Sadler

это маловероятное событие. Спирали и листы лежат обычно в разных слоях так как контакт спирали с торцом листа имеет повышенную энергию

DNA_Seq ★★☆☆☆ ()
Ответ на: комментарий от DNA_Seq

Отправил конечный вариант со структурой в Shared solutions команды. Больше не знаю, чего там можно допилить.

Sadler ★★★ ()
Ответ на: комментарий от DNA_Seq

Ну тогда, пожалуйста, посмотрите моё последнее решение, может, сможете исправить. Хочется, чтобы русская команда хоть раз побывала в тройке лучших =)

Sadler ★★★ ()
Ответ на: комментарий от Sadler

там спереди петля напоминающая два элемента бета-листа, еще что-то подобное находится сзади. Тогда суммарно имеем 8 листочков что достаточно для образования цилиндра

DNA_Seq ★★☆☆☆ ()
Ответ на: комментарий от DNA_Seq

> Тогда суммарно имеем 8 листочков что достаточно для образования цилиндра

Круто. Ещё бы потянуть сформировать этот цилиндр. Я боюсь, весь мой скор порушится при таких глобальных перетрясках.

Sadler ★★★ ()

А там исходники есть? А то ведь проприетарщина не нужна!

Xenius ★★★★★ ()
Ответ на: комментарий от Xenius

> А там исходники есть? А то ведь проприетарщина не нужна!

А по мне так нативные игры и проприетарные вполне себе ничего.

Sadler ★★★ ()
Ответ на: комментарий от Sadler

Ну так самое главное преимущество GNU/Linux над другими распространёнными ОС — свободность — свободные лицензии, открытые исходные коды (Кстати, лицензию на Foldit вообще не нашел). А остальные вроде удобства, надёжности, разнообразия софта и поддержки железа — следуют из этого

Xenius ★★★★★ ()
Ответ на: комментарий от Xenius

Я считаю, что свободность - это приятная плюшка для софта, но сама по себе она не приводит ни к надёжности, ни к эффективности.

Sadler ★★★ ()
Ответ на: комментарий от Sadler

Сама по себе не приводит, но запускает процессы, которые приводят. Естественно, запылённому кривому проекту, исходники которого открывать боится даже сам автор, свободность не поможет

Xenius ★★★★★ ()
Ответ на: комментарий от Xenius

Цель проекта другая

А именно, играючи решать всем миром реальные биологические задачи.

RoadRunner ()
Ответ на: Цель проекта другая от RoadRunner

Но я вот не хочу ставить эту программу потому что она несвободная. Из-за решения закрыть исходники они уже теряют часть аудитории.

Xenius ★★★★★ ()
Ответ на: комментарий от Xenius

>Из-за решения закрыть исходники они уже теряют часть аудитории.

всех 2.5 анонимусов?

DNA_Seq ★★☆☆☆ ()
Ответ на: комментарий от Xenius

Я думаю, если бы было соотв.образование или интерес к молекулярной биологии, «несвободность» не помешала бы. Разрабам не нужно сообщество разработчиков для «улучшения» программы, им нужно сообщество людей, которые будут, фигурально выражаясь, «разгадывать тайны мироздания». Причём, они обещали, что лицо/команда, построившие исследуемый белок или очень близкий к нему, будут помянуты в соотв.публикациях. Может, даже при получении нобелевки чьё-то имя произнесут (:

RoadRunner ()
Ответ на: комментарий от RoadRunner

> Может, даже при получении нобелевки чьё-то имя произнесут (:
А какая мне от этого польза, если вручать премию будут не мне?

Я думаю, если бы было соотв.образование или интерес к молекулярной биологии, «несвободность» не помешала бы.

Интерес к молекулярной биологии у меня есть, но он не настолько велик, что бы запускать на своём компьютере блоб, скомпилированный неизвестно кем и даже не подписанный мейнтейнерами моего дистрибутива.
А в виртуалке он тормозить наверное будет. Да и лень её настраивать.

Разрабам не нужно сообщество разработчиков для «улучшения» программы,

Мне-то какое дело, что им нужно? Если у программы скрытый код, значит там с большой вероятностью есть какая-то пакость — иначе не было бы резона скрывать код.

им нужно сообщество людей, которые будут, фигурально выражаясь, «разгадывать тайны мироздания».

Тогда они должны учитывать интересы людей, которые не любят чёрные ящики, закрытость и прочее. Скрывать исходники программы — это против духа научной честности.

Xenius ★★★★★ ()
Ответ на: комментарий от Xenius

> Тогда они должны учитывать интересы людей, которые не любят чёрные ящики, закрытость и прочее. Скрывать исходники программы — это против духа научной честности.

Может быть, достаточно попросить их об исходниках?

Sadler ★★★ ()
Ответ на: комментарий от Sadler

> Может быть, достаточно попросить их об исходниках?

Я не зареган на их сайте, потому не могу писать.

Может быть ты и передашь им, что существует контингент потенциальных пользователей программы (как минимум один пользователь, но скорее всего больше), которые считают, что скрытие исходников противоречит научной честности, что запускать программы с закрытыми исходниками, (которые по этой причине невозможно проверить на отсутствие вредоносной функциональности) на своём компьютере небезопасно.

Xenius ★★★★★ ()
Ответ на: комментарий от Xenius

Может и передам. Сначала только надо прошерстить их форум и Wiki, вдруг там всё популярно объяснено?

Sadler ★★★ ()
Вы не можете добавлять комментарии в эту тему. Тема перемещена в архив.