1.Узнать старый пароль root/Администратор и сменить его везде.
2.Сделать резервные копии всех данных и и конфигурационных файлов.
3.Проревизовать оборудование на предмет BackDoor.
4.Почитать BugTrack/Security на предмет дырок, устранить.
5.И больше ничего не трогать :)

P.S.: Некоторые держат конфиги в ОЗУ ЭВМ, перезагрузка приведёт 
к потере информации, некоторые шифруют файловую систему а пароль не 
говорят.

P.S.S.: Паранойя.

А в последний?