iPhone нередко подвергают критике за отсутствие или недостаточно современную реализацию некоторых функций, типичных для смартфонов такой ценовой категории, а также за ограничение свободы использования. Основные возражения:
* недостаточно функциональная работа с SMS: невозможность настройки отчёта о получении; отсутствие шаблонов для сообщений и др.[30].
* Малые возможности Bluetooth, ограниченные лишь поддержкой беспроводной гарнитуры: невозможность передачи файлов по Bluetooth[31].
* Ограниченная возможность для написания программ для iPhone: свободно распространяться могут лишь весьма ограниченные по функционалу web-приложения, полноценные же программы, написанные с помощью iPhone SDK, могут распространяться только через App Store, причём с 30 % комиссией Apple[32]. При этом Apple оставляет за собой право отказать разработчику в публикации приложения, если сочтет его содержание оскорбительным или непристойным. Также, известны случаи отклонения сторонних программ по словам Apple дублирующих функционал предустановленных приложений iPhone. Такими программами стали, к примеру, Podcaster и MailWrangler.
o Несмотря на заверения Apple, что такие ограничения созданы, чтобы не допустить установки некачественного ПО, в App Store попадали некачественные или мошеннические программы. Один из известных случаев — I Am Rich. Программа только выводила изображение красного камня и короткую фразу, а её цена составляла $999,99. Позже она была удалена из магазина. Создатель программы заявлял, что вырученные деньги ему выплачены не были, но о возвращении денег покупателям так же ничего не известно. [33]
* Пользовательский интерфейс iPhone прячет от пользователя понятие «файл», что делает невозможными ряд операций, таких, как отправка email-сообщения с несколькими присоединенными изображениями. В версии 3.0 появится возможность отправки нескольких фотографий, контактов.
* Отсутствие встроенного кард-ридера и, таким образом, невозможность увеличения памяти и использования сменных носителей данных.
* Невозможность самостоятельной замены аккумулятора
* Невозможности работы в режиме GPRS-модема для обеспечения Интернет-соединения для обычного компьютера, в том числе портативного. В версии 3.0 появится возможность использования iPhone в качестве модема через кабель или Bluetooth.
* критикуется также программа iTunes (доступная только для Windows и MacOS X), являющаяся единственным официальным средством управления iPhone с компьютера. Созданию сторонних программ для взаимодействия iPhone с компьютером Apple всячески препятствует, вплоть до угрозы судебного преследования их разработчикам[34].