К сожалению, часто приходится иметь дело с AVR'ами, а JTAG у них есть только в нескольких старших моделях. А вот debugWIRE поддерживается многими популярными AVR'ами, да и для работы нужен ему только RESET пин. В богомерзкой винде под AVRStudio отладка довольно удобная (наверное, это единственное, что я там могу назвать удобным), но есть ли что-то под Linux для этого дела?