что то в последнее время генту стало все глючнее и глючнее

"Не верю". Все работает весьма стабильно. Полностью unstable gentoo с
некоторыми hardmasked пакетами и здоровым своим оверлеем для cvs и svn
программ. С обновлением portage вообще никогда проблем не было. С
поломанными пакетами помню ровно три случая, которые были очень давно:
сегфолтился as, /dev монтировался с неправильными, параметрами, gimp
падал из-за libexif.

не сталкивался.

может, в консерватории что-то выпрямить?

не было и не стало

Глюки попадаются, но исключительно в нестабильном и маскированном софте.

Устраняется всё обычно довольно просто и штатными средствами (оверлей, использование USE-флагов, revdep-rebuild и т.п.)