Когда происходит запись на файловую систему, файл надо записывать в одну из веток, в зависимости от того, какой код вызывает запись.
Это нужно, чтобы программы некоторого пакета писали в ветку пакета. здесь.
Кроме того, имея много слоёв, их можно выбирать не последовательно, а из хеш-таблиц, что даст одинаковую производительность при любом числе слоёв. Не знаю, реализованно ли это в AuFS.
