[cue]flac в mp3

cue2tracks

flac -d -o file.wav file.flac
cuebreakpoints file.cue | snhsplit -o 'cust ext=mp3 lame --quiet - %f' file.wav
rm file.wav

Как бы это сделать сразу, не знаю.

Или по-другому (маленький временный файл вместо большого):
cuebreakpoints file.cue > temp.zzz
flac -d file.flac -o - | snhsplit -o 'cust ext=mp3 lame --quiet - %f' -f temp.zzz -
rm temp.zzz

Не проверял, но теоретически должно работать. Вместо последнего "-" можно попробовать /dev/stdin.

1) flacon

2) mp3 не нужен