Например в сложном рисунке нужно заменить текст который на прозрачном фоне. Как стереть старый текст? Если выбрать область и вырезать, область закрасится в выбранный цвет но не в прозрачный.
Если в настройке на вкладке files выбрать индекс прозрачного цвета, например 255, выбрать цвет данного индекса и потом вырезать область то она станет прозрачной. Но после сохранения файла область будет закрашена в непрозрачный цвет под индексом 255.