Теоретически, это правильное поведение движка. Но практически не то, что нужно. Если при ответе на чьё-то сообщение упомянуть его при помощи тега user, приходит два уведомления. Вот так (извиняюсь за нехороший хостинг изображений).
Просто при ответе в теме, на которую ты подписан, приходит только одно уведомление. И это правильно. Я считаю - одно новое сообщение = одно уведомление.