Удалить все пакеты кроме базовых

Вручную почистить?

Что понимать под "необязательными"? Сформулируй задачу точнее.

> кучу ненужных уже пакетов
> ненужных пакетов

ну так снеси их, в чем проблема то? или ты хочешь сразу все ненужные снести? а откуда apt и дебиан могут знать какие пакеты тебе не нужны? )
ну или как вариант - запусти синаптик и в нем в разделах (типа KDE, Desktop, etc. не помню точно как они обзываются) выдели все и удали.

> выдели все и удали.

А затем окажется, что тьма вещей, вроде бы и нужных ТС - не работает или вообще отсутствует. ;)
Вручную. Смотря на описание каждого пакета и прикидывая, что он делает и нужно ли тебе это. В случае неуверенности - оставлять.
А вообще - при подобных вопросах лучше не морочить голову и вчистую переустановить свежевыкачанный тестинг.
Данные то надеюсь на отдельном разделе?

Дело в том, что я не чистил систему вот уже четыре года. Установлено огромное количество пакетов, про которые я уже забыл, а это означает, что мне они уже не нужны.

Вы все как будто Debian не видели. У каждого пакета есть приоритет: required, important, standard, optional, extra. Вот и необходимо воспользоваться этой информацией о них и удалить всё кроме required и important. Затем я вручную apt-get'ом поставлю WM, несколько необходимых программ, и со временем буду доустанавливать понадобившиеся пакеты. Вот я и интересуюсь возможно ли это или нет.

Часть конфигов поменяется при обновлении. Ставь начисто и не морочь себе голову. Сохрани изменные тобой конфиги, чтоб не пропали. Заодно от фрагментации избавишься. ИМХО.

dpkg-query -W -f='${Package} ${Version}\t${Priority}\n' '*' | grep 'приоритет,_подлежащий_зачистке' > list

${Version} тут необязательно. Очистив списки от лишних столбцов, можно скормить их wajig, ЕМНИП, он умеет удалять по списку.

> Часть конфигов поменяется при обновлении. Ставь начисто и не морочь себе голову.

Слишком радикально для меня. Вероятнее всего после обновления я увижу вездесущие артефакты KDE 4 (чёрные треугольники закрывающие половину виджетов и чёрные квадраты поверх иконок), виснущий psi и откачусь обратно на stable.

Таа-а-к. И здесь начинается ;)) При обновлении ставь гнома и никаких артефактов :)

Часть ненужных пакетов можно очистить командой apt-get autoremove

apt-get autoremove удаляет не удалённые зависимости от уже удалённых пакетов. Я б все-равно внимательно смотрел, что оно собирается удалить.

dpkg-query && awk && apt-get всё сделали правильно. Освободил 7 гигабайт места ))