Ясен хрен - можно - у мя так и стоит - на первом основном разделе - WinXP, на одном логическом - Win98, на другом логическом - Linux Mandrake 9.1, и на втором основном разделе - QNX 6.2.1 - все замечательно пашет...
Linux можно ставить в абсолютно любые разделы, в том числе и загрузка из логического диска работает элементарно. Это только Windows требуют обязательно располагаться в первичном и неприменно первом разделе винчестера. Кстати, именно так и следует делать мультизагрузочную систему: ставим сперва Windows (всё равно какую) в первичный раздел, а затем ставим Linux, понаделав для неё при инсталляции логические диски на оставшемся свободном пространстве винта.