поставил на днях новый gentoo 2006.1. с установочного диска инсталлером (мерзость, на кой его туда вообще засунули, хоть бы оставили возможность как раньше ставить). когда делаю env-update или emerge, в вылезает:
!!! Invalid PORTDIR_OVERLAY (not a dir): /root/catalyst/overlays/portage
Поставьте лучше убунту, гента явно не для Вас. Ну или хотя бы хэндбук почитайте для начала.
Ищите переменную PORTDIR_OVERLAY в make.conf и исправляйте. Если такой нет, то сделайте эту переменную и присвойте ей пустое значение. Ещё посмотрите в файлах, которые инклюдятся в make.conf командой source.