Установка без загрузки с CD

установка из примонтированной директории

dd if=/dev/hda1 of=/dev/hda2 при условии, что hda1=hda2 по объёму, и оба устройства отмонтированы!;-)

Да, есть. Какой способ поддерживается твоим дистростроителем- смотри у него на сайте.

Например, я хочу установить Ubuntu-base из рабочей системы на flash-ку без загрузки.

скорее всего стоит смотреть в сторону debootstrap (по крайней мере в Debian это решалось бы именно так)