Загрузочная флешка > образ диска.

Собственно, cat /dev/sdX > image.img.

А тот факт что образ для usb отличается от образа для диска будет влиять на что-либо?

На что именно?

Конечно, образы usb и cd отличаются хотя бы тем, что в USB-образе есть MBR, раздел с файловой системой vfat/ext* и загрузчиком в mbr/загрузочном секторе, а в CD-образе - ФС iso9660 со специальным загрузочным сетором El Torito, и записать USB-образ на CD не выйдет.

Кстати, можно воспользоваться программой isohybrid и превратить iso-образ в «гибридный» для загрузки в т.ч. с флешки, но тогда на флешке будет ФС iso9660 (без возможности записи).

К сожалению, iso образа у меня не осталось, поэтому интересует способ переноса с флешки.

dump/restore

Ну считывайте посекторный с флешки, в чём проблема-то? Или Вам потом на компакт диск его записывать нужно?

только ручками, юзая syslinux or GRUB2

dd if=/dev/sdX of=image.img

> Будте добры,подскажите какой способ есть для переноса данных с флешки на образ диска, чтобы образ сохранил «загрузочность».

cp, mkisofs, isolinux

Тоже можно.

ТСу, кстати, кажется, нужно совсем другое, чтобы на компакт-диск записать можно было.

Вот выдержка из wiki syslinux:

mkisofs -o output.iso \
   -b isolinux/isolinux.bin -c isolinux/boot.cat \
   -no-emul-boot -boot-load-size 4 -boot-info-table \
   CD_root

скопируйте файлы в директорию, здесь CD_root, положите в неё isolinux.bin из состава syslinux, создайте файл isolinux.cfg по аналогии с параметрами конфигурационного файлы загрузчика на USB диске.

Или с использованием grub_legacy (0.97) Grub_legacy CDROM Boot

Думаю надо пояснить стуацию, на флешку записан Lenovo Factory Recovery, это утилита по восстановлению фабричного образа Windows на ноутах ThinkPad от Lenovo, и этоу флешку мне нужно подцепить в VirtualBox. Но VBox с USB не грузится, поэтому ищу способ создать iso образ.

P.S. В каталоге BOOT много хитрых файлов, мало похожих на isolinux.cfg

Вы поиском в google.com пользоваться умеете ? Есть способ создания vmdk диска вручную, указав, что он будет связан с реальным жёстким диском, в вашем случае указываете USB диск.

Вот примерное руководство, правда здесь описано с использованием версии Virtualbox для windows, но по аналогии можно выполнить и в linux. Проброс реального жёсткого диска в virtualbox

https://wiki.archlinux.org/index.php/Installing_Arch_Linux_from_VirtualBox_(Русский)