Судя по тому, что я читал об обычных чипсетнах контроллерах ide - это технически не вполне корректная процедура. Для распространенных сейчас дополнительных контроллерах на плате (Promise, HotRod) это вроде можно сделать (в принципе!). Эксперименты надо начать с компиляци драйвера в виде модуля и попыток его выгрузки и загрузки снова. Само собой, используемые fs не должны быть подклчены через него. Посмотри raid-howto, для начала, а лучше сырцы ядра.