Вообще-то эта фича реализована в KDE, Gnome, MC...
Если я не ошибаюсь то в KDE, и Gnome -- это отдельные приложения.
Надо только понять какое именно..
Хотя, наверное, скрипт написать проще.
В 2.4.х ядрах (в 2.6 просто не разу не работал) есть опция "Kernel support for MISC binaries"
/usr/src/linux/Documentation/binfmt_misc.txt --- краткое описание. Можно задавать расширение или magic. И все, после этого делать exec() на нужный файл, без всяких скриптов, правда для настройки нужны права root.